Rahim iç tabakasına endometriyum- endometrium denir. Bu tabakanın rahim içinde değil rahim dışına doğru farklı bir yerde gelişmesi ile oluşan kistik yapıdır. Endometriyoziste kistlerin içi kahverangimsi bir sıvı ile doludur, bu nedenle çikolata kisti de denilmektedir.

Rahim iç tabakası her ay yumurtlama dönemlerinde gelişerek kendini gebeliğe hazırlar ve kalınlaşır. Adet kanaması ile bu tabaka dışarı atılır ve tekrar rahim içine yerleşir. Endometriyoziste bu iç tabaka rahim içinde yerleşmez. Rahim dışında gelişerek kistik yapı oluşturur.